本发明公开了一种从发酵液或提取液中分离虫草素的方法，包括以下步骤：S1：含虫草素的发酵液或提取液固液分离，得到清液和浓缩液；向所得浓缩液中加水渗滤，得到微滤透过液；S2：将步骤S1所得微滤透过液和所得清液进行纳滤，得到第一纳滤浓缩液和第一纳滤透过液；向第一纳滤浓缩液中加水渗滤，得到第二纳滤透过液；S3：调节步骤S2所得第一纳滤透过液和第二纳滤透过液的pH，再经进行电渗析，收集淡化室中的溶液，得到除离子后的物料；S4：调节步骤S3所得除离子后的物料的pH，再进行电渗析，收集浓缩室中的溶液，即得浓缩后的虫草素溶液；S5：结晶。该方法流程短，虫草素收率和纯度高，且废水排放量少，具有工业化生产的潜力。