本发明公开一种医用包装盒制品的瑕疵在线检测方法，包括：获取医用包装盒制品的图像，并且从模板图像库中查找出与医用包装盒制品的图像相对应的模板图像；针对医用包装盒制品的图像和医用包装盒制品的模板图像进行图像对齐处理，并且计算二者之间的差异向量；建立用于检测医用包装盒制品的图像是否存在瑕疵的分类模型，同时训练分类模型，并且检验分类模型的性能；将医用包装盒制品的图像与医用包装盒制品的模板图像之间的差异向量输入到分类模型，分类模型输出医用包装盒制品的图像的像素点是否具有瑕疵的结果，本发明能够实现对于医用包装盒制品瑕疵的自动检测。