本发明公开了一种变压器绕组故障诊断方法及系统，包括：分别获取变压器绕组处于正常工作状态下的第一频率响应数据以及处于不同故障类型下的第二频率响应数据；根据第一频率响应数据和第二频率响应数据，确定不同故障类型下不同移动窗口对应的特征量；根据特征量进行支持向量机的训练，确定变压器绕组故障分类模型；获取目标变压器绕组的实时频率响应数据，并基于所述实时频率响应数据利用所述变压器故障分类模型进行故障诊断。本发明的方法将相关系数与欧氏距离的计算和移动窗相结合，进行频率响应数据的特征量的提取，并进行训练，利用训练得到的变压器故障分类模型进行故障诊断，能够快速准确地完成变压器绕组故障的诊断。