本发明涉及一种飞行器实时突防轨迹生成方法和系统。本发明通过使用二阶锥规划方法求解突防轨迹优化问题，得到不同初始条件下的突防轨迹，并生成数据集后，利用生成的数据集对深度神经网络进行训练，得到训练好的深度神经网络模型，然后将训练好的深度神经网络模型用作攻角和倾侧角的实时控制器，基于获取的高超声速滑翔飞行器的当前状态参数快速生成突防轨迹。在实际应用过程中，只需要将获取的当前状态参数输入进入，就可以得到突防轨迹，以提高凸优化问题的求解效率，进而满足HGV高度动态环境的实时性要求。