本发明公开了一种与西兰花花球低温变紫性状连锁的InDel标记物及引物组和应用，该InDel标记物的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示，该InDel标记物与西兰花花球低温变紫性状紧密连锁，其物理位置为Chr9.60169854。本发明的与西兰花花球低温变紫性状连锁的InDel标记可应用于西兰花花球低温紫/绿性状的辅助选择，可在早期对育种材料进行批量检测，从而可在早期淘汰大量非理想的材料，检测方便，费用低廉，大幅度减少后期所需的定植、田间管理、表型鉴定的工作量。