本发明涉及农业生物技术领域，特别的涉及一种转基因抗赤霉病小麦OExat‑003的外源插入片段NOS端的旁侧序列及其应用。本发明通过采用如SEQ ID NO.1~5所示的引物和探针，构建了PCR检测方法对转基因抗赤霉病小麦OExat‑003的外源插入片段NOS端的旁侧序列进行定性和定量检测，可以对小麦样品是否含有所述转基因转化事件进行有效筛选，加速对优异转化体的选择，并适用于小麦OExat‑003中转基因转化事件的检测和追溯。