本发明提供了一种综合能源系统规划方案综合评价方法和系统，包括：将综合能源系统规划方案带入预先构建的综合能源系统生产模拟模型中，对所述综合能源系统生产模拟模型进行计算，得到系统运行数据；将所述系统运行数据带入预先构建的基于生产模拟模型的综合能源系统规划方案综合成效评价模型中，对所述模型进行计算，得到综合能源系统规划方案的综合成效；本发明通过引入综合能源系统生产模拟，通过运行生产模拟模型，得到项目实施后预期系统运行指标，再计算综合成效评价有关指标，解决了综合能源系统项目在规划阶段各类新型元素难以像传统电源、电网项目直接计算成效的问题，有效提升各类新型能源设施项目前期规划方案综合评价的准确性。