本发明公开了一种核电站钢衬里变截面异形衬里板结构及其制造方法，所述衬里板包括底板环段、截锥体、廊道衬里、顶板环段、廊道顶板和内壳衬里一层，截锥体的下端和上端分别与底板环段和廊道衬里一层连接固定组成所述衬里板的第一部分，廊道衬里二层与顶板环段连接组成所述衬里板的第二部分，廊道顶板与内壳衬里一层组成所述衬里板的第三部分；每一部分在车间制造成若干分块板，现场将分块板按顺序焊接连接成一个整体后，再与底板和核电站内安全壳钢衬里筒体二层下端固定连接。本发明通过优化分层分块、二次拼装，有效控制变截面异形衬里板的焊接变形，减少了现场焊接工程量，减少了与预应力廊道施工的交叉施工时间。