本发明涉及玉米育种技术领域，具体涉及一种基于玉米PB群选育耐旱父本种质的方法；步骤为：通过PB群抗旱性玉米种质与父本材料混粉，构建种质改良基础群体并自交产生S1代；S1代在苗期进行穗行间抗旱性筛选，筛选后抗旱性穗行分两份分别移栽，根据旱区种植后穗行抗旱性的鉴定结果，选取与之对应种植于正常灌水区的穗行进行自交，得到S2代并形成DH1系；取少量DH1系形成测配群体TC1，测配群体TC1及其亲本DH1系进行多环境抗旱性表型鉴定，分别建立全基因组选择模型；利用全基因组选择模型预测大量DH1系的表型，筛选出的优良自交系即选育出耐旱的玉米父本种质。本发明的目的是以解决现有玉米父本种质的选育周期长、选择效率低、产量和耐旱性难以平衡的问题。