本发明提供一种横向甘蔗种植机供种机构的自动控制方法及系统，属于农业机械自动化领域，方法包括如下步骤：用传感器检测判断集蔗箱蔗量和输送状态，并适时控制液压缸和液压马达的运动状态来改变供种箱的供种量，从而保证集蔗箱的种量平衡，达到有序播种。但若在供种中，检测到供种箱种量需调整时，则及时控制液压提升装置动作，从而使得箱内保持充足的蔗量储备，更好保证其对集蔗箱的连续供种工作。特别的，在供种箱蔗量严重不足时，还可通过报警模块提醒人工补蔗。通过供种箱和集蔗箱的协同控制，实现了有序连续供种，而且通过供种机构的自动控制，提高种植机的工作效率并减少了人工劳动强度，实现自动化和精准化种植。