本发明公开了一种考虑雷击故障的多微电网分层经济调度方法和系统，所述方法包括：基于负荷重要性指标从安全性、经济性两个方面来综合评估负荷重要程度，并构建负荷停电损失模型；基于负荷停电损失模型，考虑负荷停电损失成本和分布式电源发电成本，构建多微电网网内调度模型；考虑负荷停电损失成本和微电网发电成本，构建多微电网网间调度模型；构建考虑雷击故障的多微电网分层经济调度模型，包括多微电网层、多微电网网内调度层和多微电网网间调度层；进行雷击故障下的多微电网分层经济调度。本发明以雷击故障下多微电网停电损失最小为前提，进一步考虑多微电网的最优经济运行，实现考虑雷击故障的多微电网分层经济调度。