本发明涉及拟康宁木霉SMF2在防治植物细菌性病害中的应用。所述拟康宁木霉SMF2的保藏编号为CCTCC NO:M209031。本发明还提供了拟康宁木霉SMF2的次级代谢产物康宁霉素在防治植物细菌性病害中的应用，以及康宁霉素的制备方法。本发明公开的拟康宁木霉SMF2是一种重要的生防木霉，能高效合成次级代谢产物康宁霉素，康宁霉素对多种病原真菌和革兰氏阳性病原细菌具有显著的拮抗作用，可以有效防治由细菌引起的植物病害。特别是可有效抑制稻黄单胞菌稻致病变种和稻黄单胞菌稻生致病变种的生长，对其引起的水稻白叶枯病害和水稻细菌性条斑病害都具有显著的防治效果。