本发明涉及计算机辅助医疗技术领域，公开了一种胃早癌高危风险筛查系统，包括：调查问卷获取模块，用于获取待筛查调查问卷；胃早癌风险预测模块，用于根据所述调查问卷，基于预先训练的胃早癌风险预测模型，判断是否存在风险；其中，所述胃早癌风险预测模型包括：分模块风险预测单元，用于根据各影响因素的填写结果，采用相应二分类神经网络进行风险预测；整体风险预测单元，用于对基于各影响因素的风险预测结果进行加权求和，得到整体风险。本发明有助于充分挖掘对每个影响因素对胃早癌的影响，避免遗漏有价值影响因素，提高了预测准确度。