本发明公开了一种三维霍尔探头与视觉引导系统的标定方法及装置，包括：获取单极磁铁的位于第一位置的第一视觉中心位置以及位于第二位置的第二视觉中心位置；控制三维霍尔探头在预设区域移动直至其测得的磁通密度为预设密度，标记三维霍尔探头所在位置为第一探头位置；控制单极磁铁由第二位置以预设旋转轴旋转第二预设角度；控制三维霍尔探头在预设区域移动直至其测得的磁通密度为预设密度，标记三维霍尔探头所在位置为第二探头位置；基于第一探头位置、第二探头位置、第一视觉中心位置和第二视觉中心位置，确定标定信息。根据本发明的技术方案，可以消除磁场中心与磁铁物理中心的误差，进而可以提高三维霍尔探头用视觉引导时的引导定位精度。