本发明属于生物医学检测的技术领域，具体涉及一种用于肝癌骨转移诊断、治疗和预后的生物标志物及其应用。所述VAPA生物标志物在制备检测肝癌骨转移诊断、治疗和预后的试剂或试剂盒的应用。所述检测血液和组织中VAPA表达量的试剂在制备肝癌骨转移中诊断、预后试剂或试剂盒的应用。所述检测生物标志物VAPA表达量的试剂或试剂盒，相比现有使用的检测试剂盒只能在骨转移发生以后检测，所述VAPA能够更特性和更敏感地早期预测肝癌骨转移的发生、诊断肝癌骨转移、预测疾病进展、评估治疗效果、指导药物使用和预后评价的试剂盒，以及作为治疗骨转移的靶标。