本发明属于益生菌制剂技术领域，具体涉及一种用于母猪接产的复合菌制剂及其制备方法和应用。本发明所述复合菌制剂包括益生菌、益生元、蒙脱石、丝兰提取物和香味剂，兼具改良新生仔猪肠道与体表微生态环境、干燥新生仔猪体表促进仔猪活力恢复、改良产房及仔猪接触环境微生态状态和防治猪相关疾病的作用，提高仔猪的存活率。同时，将本发明中的复合菌制剂喷撒至仔猪接触环境中，可以高效的在环境中接种有益菌，形成有益菌占主导的环境，进而巩固微生态接生的效果，促进新生仔猪肠道及体表形成更加稳定的有益菌占主导的微生态状态。