本发明公开了一种低频输电系统容错运行方法及装置。本发明采用的技术方案为：若桥臂内发生全桥子模块故障，只要故障的全桥子模块个数不超过冗余子模块个数，故障的全桥子模块只需做旁路操作；若桥臂内的故障子模块个数超过冗余个数，或因其他故障原因导致M3C某个桥臂不能继续正常运行时，将M3C从九桥臂运行状态在线切换为六桥臂运行状态；对于两端型低频输电系统，当低频输电线路发生单相永久性故障时，单相线路隔离，M3C低频侧从三相运行转变为两相运行，低频输电系统继续保持运行状态。本发明能够实现模块故障、桥臂故障和线路故障下，低频输电系统仍然保有全部或部分功率传输能力，可有效提升低频输电系统的运行可靠性。