本发明公开了一种柔性直流输电系统的高频谐波保护方法及装置，方法包括下述步骤：检测并采集柔性直流输电系统的关键电气量；对关键电气量进行高频检测，计算高频特征量；基于傅里叶变换，计算关键电气量的高频谐波特征量；设置高频特征系数、高频谐波保护动作定值及高频谐波保护动作延时，并结合高频特征量和高频谐波特征量判断高频谐波保护动作。本方法对关键电气量进行高频检测，检测方法简单，并且仅需通过傅里叶变换进行少量次数的谐波计算，降低了计算负载，可以完成对柔性直流输电系统中全设备谐波保护的全覆盖，兼顾了保护设置的灵敏性和清晰性，减少了柔性直流输电系统针对单一元件配置谐波保护的复杂性。