本发明公开了一种预测非转移性乳腺癌新辅助化疗疗效的标志物及其应用；本发明通过多重RNA原位分析方法检测了外周血循环肿瘤细胞内的FTH1基因的表达，证明了新辅助化疗前外周血中高表达FTH1基因的EMT型CTCs的数量高或者比例高的患者不易获得病理完全缓解；通过检测新辅助化疗前高表达FTH1基因的EMT型CTCs的数量能预测新辅助化疗的疗效，其AUC＝0.805，通过检测新辅助化疗前高表达FTH1基因的EMT型CTCs的数量占CTCs总数比例能预测新辅助化疗的疗效，其AUC＝0.847，具有较高的预测价值。