一种适用于微生物灌装生产线的自变轨系统及使用方法，包括传输主轨道，传输主轨道的出口端与分拣主轨道的入口端相连通，分拣主轨道的出口端连通第一分拣通道和第二分拣通道，第二分拣通道的另一端连通传输支轨道；传输主轨道的上方架设有第一检测装置，第二分拣通道的上方架设有第二检测装置，分拣主轨道的上方架设有主分轨装置，传输支轨道的上方架设有支线分轨装置；该发明方法采用多级分拣的方式能有效的将不同微生物灌装瓶输送到制定的灌装工序，装置自动化程度较高且分类精准，能有效提高瓶装容器的传输效率。