本发明实施例提供一种实现区域煤电高效灵活调控的集群AGC负荷分配方法及系统，属于电厂运行领域。所述方法包括：根据机组集群动态出力边界和调度发给机组集群电负荷指令的比较来判断各厂能否参与负荷调节；若所述机组集群电负荷指令属于当前机组集群动态出力边界内，则以机组集群内的工作模式为调节型电源的所有燃煤电厂的总煤耗建立目标模型，求解目标模型得到机组集群内的工作模式为调节型电源的每一燃煤电厂的最优分配负荷，根据机组集群内的工作模式为调节型电源的每一燃煤电厂的最优分配负荷制订最优分配方案。本发明实现了区域煤电机组集群AGC系统接受电网调度的机组集群电负荷指令，在集群内各电厂之间进行负荷优化分配，进而实现机组集群内各电厂之间的协调优化运行。