本发明公开了一种具有阻燃防菌双功能的医用面料及其制备方法，包括以下步骤：(1)取共聚酯、磷酸酯、1‑丙基磷酸酐、多苯基多亚甲基异氰酸酯密炼，纺丝，制得纤维膜；(2)取聚丙烯纤维的梭织面料浸渍海因改性二氧化硅，得到改性聚丙烯面料；(3)取聚丙烯纤维的梭织面料，叠加纤维膜、改性聚丙烯面料，压合，得到医用面料。本发明通过在纤维膜中引入以丙烯酸羟乙酯、二氯二甲基硅烷、半胱氨酸为原料得到改性单体，与羟基丁酸、乳酸、丁二醇反应得到具有抑菌、阻燃性能的共聚酯，并与以腰果酚、三氯氧磷、3‑氯过氧苯甲酸为原料得到的磷酸酯、1‑丙基磷酸酐、多苯基多亚甲基异氰酸酯密炼，进一步提高所制纤维膜热稳定、阻燃性能。