本发明公开一种船舶类别分类模型训练方法、系统及计算机存储介质。该方法包括：S1将原始训练集分成多个小数据集；S2.将多个小数据集分为多组训练样本；S3.将每组训练样本进行训练得到一一对应的多个船舶类别分类模型以及多个难例数据集；S4.将多个船舶类别分类模型进行融合得到预训练模型；S5.加载预训练模型并通过数据增强方法对原始训练集和多个难例数据集进行m轮模型训练，得到当前更新的船舶类别分类模型；S6.对原始测试集训练，得到当前更新的难例数据集，对其和原始训练集进行m+1轮模型训练，得到下一更新的船舶类别分类模型，重复S6进行预设轮模型训练，得到目标船舶类别分类模型。本发明中的目标船舶类别分类模型正确率高，错误率较少。