本发明公开了一种三维CT图像的目标物标记方法及系统。该方法包括如下步骤：根据被检物品的三维CT图像，获取安检员在三维CT图像的一个视角下，所选择的二维区域和目标物的危险品类别；基于预设的投影角度和方向，根据透视投影原理获取与二维区域相对应的三维区域；获取三维区域与被检物品的多个交点；根据多个交点绘制线框标注体，以用于表示目标物的所在区域；根据危险品类别，在线框标注体上显示相应的类别提示。本发明可以充分利用图形硬件的并行能力，无需进行预处理、前期识别及深度测试，实现以最小的算法复杂度和时间开销完成目标物标注处理，单次操作即可完成一次危险品的标记，不依赖于识别结果，整个标注过程更加友好。