本发明提出一种基于显微镜图像的微囊藻类细胞统计方法，包括步骤一、图像预处理，步骤二、图像二值化，步骤三、计算细胞密度分布图，步骤四、修正细胞尺寸，步骤五、统计微囊藻类细胞个数；本发明利用藻类细胞区域均值和方差特征，有效地计算出藻类细胞密度分布图，并对密度分布稀疏的图像采用斑点检测的方法修正了微囊藻类细胞的像素尺寸，不仅降低了细胞间重叠引起的统计误差，也提高了细胞个数统计的精度；同时，本发明不需要在深度学习模型中直接检测微囊藻类的细胞，减少了数据标注工作，提高了模型训练和模型优化的效率，且本发明方法为独立的模块，便于算法后期的优化和维护。