本发明提供了一种基于电磁带隙结构的法兰及太赫兹波导连接件，其中基于电磁带隙结构的法兰，包括：金属板，所述金属板中间开有波导口，所述金属板上刻蚀有周期方形柱电磁带隙结构，所述方形柱电磁带隙结构凸出于金属板表面，所述波导口附近设有椭圆阻抗变换过渡结构；在对接时，平面法兰的波导口与所述基于电磁带隙结构的法兰的波导口对齐，方形柱电磁带隙结构朝向平面法兰；平面法兰与所述基于电磁带隙结构的法兰存在法兰对接空气间隙，波导中的能量沿垂直方向传播，沿缝隙的电磁泄露在周期方形柱电磁带隙结构中得到抑制。