本发明涉及一种突变的羟基苯丙酮酸双加氧酶多肽、其编码基因及用途，所述突变的羟基苯丙酮酸双加氧酶多肽保留催化对羟基苯丙酮酸转化为尿黑酸或尿黑酸盐的活性，且对HPPD抑制剂除草剂的敏感性低于野生型HPPD，其在对应于SEQ ID NO：1所示的氨基酸序列包含如下位点处的氨基酸突变：在F372位被A、G或V取代且在F383位被W取代。本发明首次公开了对不同物种来源的羟基苯丙酮酸双加氧酶多肽的372位点+383位点进行组合突变可以赋予植物对HPPD抑制剂类除草剂表现出协同增效的耐受性，在植物上应用前景广阔。