本发明公开了一种分布式潮流控制器子模块故障下的控制保护方法及系统，属于新能源控制领域。本发明采用的技术方案为：当DPFC子模块旁路开关合闸失灵时，DPFC设备整体停运旁路；当DPFC子模块内部元件故障时，故障子模块永久闭锁并旁路，其余子模块正常运行；当DPFC子模块电气量保护、通信类故障及暂态类故障时，故障消失后允许子模块重新投入运行。本发明根据子模块故障类型及严重程度，将子模块故障分为三类，分别提出对应的控制保护策略，避免了因个别子模块的故障而引起DPFC整体停运。