本发明公开了一种对五种输入性疟原虫分型检测的引物、探针及方法。所述五种输入性疟原虫包括恶性疟原虫、间日疟原虫、三日疟原虫、卵形疟原虫和诺氏疟原虫，所述引物包括8条引物，所述探针包括2条探针。本发明基于多重PCR，利用不对称扩增方法扩增出大量的带有特定标签序列的长链单链DNA产物，结合通用型二维标记探针介导的熔解曲线分析技术，实现单管/闭管双通道的5种疟原虫快速检测及分型。同时，亦可通过内标指示体系正常与否及标本采集质量。检测体系5个检测对象检测下限均为10拷贝数/反应，体系特异性好，选择能力强。该方法有助于输入性疟原虫快速检测和分型，对外防输入疟疾和保持沿海经济持续发展具有重要意义。