本发明公开了一种包含甲硝唑的眼用凝胶及其制备方法。所述眼用凝胶包括以下组分：甲硝唑0.5~1.5重量份，增稠剂1.0~5.0重量份，等渗剂0.8~1.2重量份，抑菌剂0.001~0.02重量份，pH调节剂0.001~0.005重量份，保湿剂0.2~1.0重量份，海藻提取物0.2~1.0重量份，去离子水90~110重量份；所述眼用凝胶的pH为6.5‑8.0。本发明通过实验发现，所述眼用凝胶对眼部蠕形螨感染的驱螨治疗、棘阿米巴性角膜炎的治疗均有良好改善效果。