本发明公开了一种深部原位保真取芯率定平台的装配方法，包括S1、将岩芯舱装配子系统固定于预设的地基基础上，并将岩芯舱的模拟舱固定于岩芯舱装配子系统中的安装底板上；S2、驱动油缸作业，驱动安装底板移动到预设位置处；S3、驱动伺服电机，机械手控制两个卡箍沿模拟舱相向运动；S4、将钻杆舱装配子系统固定于地基基础上，且钻杆舱装配子系统安装于与Y轴垂直的X轴上；S5、基于钻杆长度，将多段钻杆舱依次拼接，并将拼接后的完整钻杆舱的底部与岩芯舱的模拟舱对位连接，完整钻杆舱的顶部与钻杆自适应导向结构的下部对位连通；S6、驱动钻杆自适应导向结构作业，以在X轴向上对钻杆舱的装配过程进行准确定位。