本发明公开了一种与冬瓜果实大小紧密连锁的Indel分子标记引物，所述Indel分子标记引物包括上游引物BhFS‑F和下游引物BhFS‑R，其中所述上游引物BhFS‑F的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述下游引物BhFS‑R的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。该引物能产生168bp的大果特异性标记BhFS168和173bp的小果特异性标记BhFS173，且重复性好、特异性强。还公开了所述Indel分子标记引物在苗期鉴定冬瓜果实大小表型方面的应用。该应用利用所述Indel分子标记引物，能准确、快速、有效的鉴定冬瓜果实大小。