本发明涉及用于治理电力系统谐波的有源电力滤波器及其滤波方法，包括承载底座、承载壳、散热托盘、APF滤波单元、电容器组、控制单元、高压接线端子、通讯接线端子、电流互感器及操控界面，承载底座为矩形板状结构，承载壳包覆在承载底座外，散热托盘嵌于作业腔内并将作业腔从上至下分割为一个控制腔、一个滤波腔和一个辅助功率补偿腔，控制单元嵌于控制腔内，APF滤波单元嵌于滤波腔内，电容器组嵌于辅助功率补偿腔内。其使用方法包括设备预装，系统设置及滤波作业等三个步骤。本发明可有效满足多种复杂电路系统配套使用的需要，同时运行自动化程度高，并具有良好的多机联网运行的需要，从而极大的提高了滤波作业效率和质量。