本发明公开了一种基于不平衡量的变压器差动保护方法及系统，属于电力系统继电保护技术领域。本发明的一种基于不平衡量的变压器差动保护方法，通过构建变压器微分方程，得到原边和副边不平衡量的映射关系及含原副边漏感的表达式；然后结合含原副边漏感的表达式，构建保护的差流判据计算式，并实时计算差动量以及制动量；最后根据计算出的实时差动量以及制动量，判断是否满足动作门槛，执行保护结果，从而可以克服变压器差动保护在铁芯饱和、产生涌流时存在原理缺陷，避免差动保护因为谐波判据不可靠而产生的误动，进一步可以克服系统的复杂电压电流谐波扰动，本发明方案简单，实用，切实可行，便于实现。