本发明公开一种船用集装箱环境控制系统及方法，在集装箱本体内阵列设有数个电池，电池底部设有液冷板，液冷板上的冷却水接入管和冷却水排出管分别与集装箱本体内的进水总管和回水总管相连通，进水总管、回水总管分别与第一换热器内换热水管的箱体进水管段以及箱体回水管段连接；第一换热器内设有海水流通管和风管；海水从海水流通管的进海水管段通入、从出海水管段排出；外界空气从风管的进风管段流入、从出风管段流出，出风管段通过送风管路与集装箱本体上的送风口连通。该船用集装箱冷却控制系统，能够减小纯空气系统的制冷量，避免了液冷系统室内结露引起的安全性问题，同时具有火灾情况下的特殊消防处理功能。