本发明公开了一种基于肠道微生物早期预测奶牛产后亚临床酮病的系统，利用围产前期奶牛后肠道预后标志微生物丰度预测奶牛产后亚临床酮病，所述的预后标志微生物包括属水平Parabacteroides、Shigella、Cellulosilyticum、Roseburia、Sporobacter、Acetanaerobacterium。本发明筛选了所述6种亚临床酮病的预后标志微生物，并基于判别分析建立了预后的判别模型。本发明对奶牛产后的亚临床酮病具有准确且稳定的预测能力，可以通过无创直肠取样方法对围产期奶牛进行预警筛查，为奶牛场尽早防治奶牛产后酮病和亚临床酮病提供有效手段。