本发明涉及一种高韧性透明PC/PP树脂组合物及其制备方法和应用，包括以下重量份的成分：PC树脂60～80份，PP树脂20～40份，相容剂3～8份，增韧剂0～5份。将各成分按上述重量份加入到高速混合机中，充分混合后，再置于螺杆机中，在290‑340℃挤出温度和200‑500转/分钟的螺杆转速条件下进行熔融挤出，冷却造粒，得到的高韧性透明PC/PP合金树脂组合物，用于制备高耐化、高透明且高韧性的医疗行业材料。与现有技术相比，本发明PC/PP合金产品具有优异的透明外观和耐化学品性能，同时又具有优异的常温和低温韧性。