本发明提供一种功率变换系统和隔离型变换器及其运行控制方法，在后级变换器和前级变换器正常通信时，分别判断是否接收到通信借用指令；若接收到通信借用指令，则说明前级变换器即将不能及时接收到后级变换器的输入电气量信息，此时，后级变换器和前级变换器按照通信借用指令进入相应的模式；然后，前级变换器再根据检测和/或慢速通信得到的工况信息，在自身预置的相应预设关系中进行查找，确定与工况信息相对应的驱动信号参数，也即会基于驱动信号参数与工况信息之间的预设关系来调节驱动信号参数，以控制自身运行，确保后级变换器输入电气量的稳定。