本发明涉及聚羟基脂肪酸酯的提取分离领域，公开了一种利用卧螺离心分离聚羟基脂肪酸酯的方法和系统，该方法包括：(1)将含聚羟基脂肪酸酯的菌体细胞进行破壁，得到含聚羟基脂肪酸酯的浆液；(2)将浆液进行卧螺离心分离，得到上清液和富含聚羟基脂肪酸酯的浓相。该系统包括：破壁单元，用于对含聚羟基脂肪酸酯的菌体细胞进行高温破壁，得到含聚羟基脂肪酸酯的浆液；卧螺离心分离单元，用于对浆液进行卧螺离心分离，得到上清液和富含聚羟基脂肪酸酯的浓相。采用本发明的分离方法可以提高聚羟基脂肪酸酯的收率、纯度和重均分子量。