本发明公开了一种姿轨控分系统健康预警方法，包含以下步骤：S1、将姿轨控分系统划分为若干特征块，并设定各特征块的健康权重系数；S2、对各特征块进行健康状态实时评估，得到各特征块的实时健康状态分值及健康影响系数；S3、结合各特征块的健康权重系数、健康状态分值及健康影响系数，计算姿轨控分系统的实时健康状态；S4、根据姿轨控分系统的实时健康状态值预估系统的未来健康状态，当预估值超过警戒值时，进行健康预警。本发明可对姿轨控分系统的健康状态进行预警，实现姿轨控分系统的在轨自主健康管理。