本发明公开了一种超疏水交联结构含氟丙烯酸酯树脂的制备方法与应用。将4,4'‑二环己基甲烷二异氰酸酯与小分子氟醇、含羟基的烯类单体进行反应，制得组分中含有氟代烷氧基与烯基封端的脂环族氨基甲酸酯衍生物的单体混合物，将单体混合物与含氟丙烯酸酯、丙烯酸酯或苯乙烯、烯基烷氧基硅烷等进行多元共聚，制得含氟丙烯酸酯树脂中间体，再经2‑3官能多异氰酸酯交联反应，制得交联结构含氟丙烯酸酯树脂。该含氟丙烯酸酯树脂仅需在稀释并涂覆于基材表面后加热固化，即可形成超疏水涂层；该涂层表面水的接触角可达159.1°，耐5％硫酸、5％NaOH可达168h，耐航空煤油浸泡可达1000h，且涂层表面防污等级为0‑1级。