本发明涉及有机肥制备技术领域，特别是涉及一种有机肥快速发酵系统及方法，包括预拌罐、一次发酵机、高温熟腐机和输送设备；一次发酵机和高温熟腐机的结构相同，都包括罐体和搅拌装置；所述罐体上设有分段式的夹层和用于将上一段夹层内的加热介质从下方抽取到下一段夹层上方的热油泵，加热介质的流动方向与原料的移动方向相反；搅拌装置包括中心轴和搅拌叶片；利用上述系统，使得发酵能实现分段加热、分段温控、每段温度保持、连续投料、连续出料和不出现生产间歇。通过本发酵系统及方法，能有效解决发酵系统不能连续工作的问题。