本发明涉及电流保护技术领域，公开了一种零序电流保护方法、系统、电子设备及存储介质，本方法通过获取到馈线的电流突变量，若馈线的电流突变量大于预设电流突变阈值时，则比较实时零序电流的幅值与预设的整定值的大小关系，基于其大小关系的比较结果对修正系数采取不同计算方式，以修正零序电流，同时，还比较三相的工频相电压的幅值的大小关系，以确定幅值最小的相为故障相，当修正后的零序电流的幅值大于预设的整定值时，则生成主保护信号，从而对故障相所在馈线进行断路操作，从而适用性更广，提高了零序电流保护的准确性。