本发明提供了一种运用图像处理检测医用包装盒三期瑕疵的方法及系统，其中系统包括：相机，控制装置，处理器、所述处理器连接机器视觉处理工具，该机器视觉处理工具用于得到需要深度学习模型检测的ROI；检测模型、目标检测器、写入模块、分类模块；以及训练模型，该训练模型依据历史样品的缺陷状态通过建立训练深度神经网络进行迭代计算获取。为了实现对铝塑泡罩包装药品瑕疵的检测，达到最好的检测效果，收集大量的瑕疵样品，通过深度神经网络对标注准确的数据进行训练，进而得到深度学习模型，多次迭代之后达到超过人类专家的高准确度检测的效果。