一种分段母线的多级限流保护方法及配置系统，在主变压器的主断路器和所对应连接的母线之间设置主限流器，在相邻母线之间的联络线上设置联络线限流器和联络线断路器，在各馈线断路器远离母线的一端设置馈线限流器，电网稳态时，各断路器和快速断路器均处于闭合状态，线路出现短路故障时，限流器和断路器根据故障部位采取分段保护：控制器触发断路器和限流器的快速断路器，并把短路故障和地址信息发送至上级控制器，实现故障线路限流保护和馈电自动化功能。本方法的保护判别逻辑简单，能够更快地故障限流隔离与供电恢复。