本申请提供了一种双馈风力发电系统及其运行控制方法，该方法在判断出双馈风力发电机在预设低转差范围内运行且进入预设低转差范围内运行的已运行时间大于预设转矩扰动控制的触发时间之后，对双馈风力发电系统执行预设转矩扰动控制，以使双馈风力发电机脱离预设低转差范围运行，由于该预设低转差范围是根据双馈变流器中的IGBT厂家给定的低转差值得到的，预设转矩扰动控制的触发时间是根据IGBT厂家给出的仿真软件以及双馈风力发电机的T‑n曲线进行计算评估后得到的，可以有效解决双馈变流器在低转差工况下因IGBT结温波动大及长时间单方向导通，导致的相关器件使用寿命短的问题。