本发明提供一种基于CT切片的肾结石检测方法及系统，该方法包括：获取CT扫描设备扫描得到的肾脏CT断层切片，解析所述CT断层切片；通过三维区域生长法获取CT断层切片中所有包含肾结石的区域；根据肾结石的体积约束筛选所述包含肾结石的区域；对所述CT断层切片基于二维区域生长跟踪得到肾脏区域的第一掩膜，并基于深度学习模型得到肾脏区域的第二掩膜；根据肾脏的第一掩膜、第二掩膜从包含肾结石的区域中筛选出肾结石，得到肾结石的CT坐标。通过该方案可以实现肾结石的精准定位，为智能体外碎石机提供可靠的技术支持。