本发明申请涉及一种电子合同数据加密管理系统，它包括加密文件生成模块，用于需加密文件的打开，点击文件加密后对需加密文件进行分割，对分割后的需加密文件进行权限设置并至于一个数字信封内，对分割后文件采用加密软件进行加密，加密秘钥在内存中随机生成，生成后的加密秘钥封装于需加密文件的数字信封中，加密后数字信封存储在服务器，本发明针对现有电子合同的保密进行进一步优化，具体的说是对同一合同进行划区域进行保密设定和管理，这样该合同的执行需要不同部门通力完成时可以实现对应权限人员的内容可见，避免了合同文件后期查阅时的泄露风险，可有效提高公司文件的存档、查阅及保密管理。