本发明公开一种PCIE密码卡虚拟化配置管理方法，包括如下步骤：S1)将PCIE密码卡存储空间分割为N个存储区，再将每个存储区分割成M个存储单元，各个存储单元相互独立，其中，N和M均为自然数，且M小于或等于N；S2)设置PCIE密码卡的虚拟化模式，虚拟化模式包括全部虚拟化和部分虚拟化；S3)将PCIE密码卡初始化，具体操作为：先利用密码卡配置工具生成管理密钥和设备密钥，然后添加用户信息。本发明通过动态选择部分虚拟化还是全部虚拟化实现密码卡资源的分配管理，提高了密码卡使用灵活性。