本发明公开了一种表达酯酶EstS的大肠杆菌基因工程菌，其是将具有序列如SEQ ID NO.3所示的EstS基因序列的目的片段克隆到表达载体中，然后转化到大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞中制备获得。本发明公开了该表达酯酶EstS的大肠杆菌基因工程菌的应用。本发明还公开了一种微生物酶法拆分制备(S)‑6‑氟‑色满‑2‑羧酸的方法，其是以所述的表达酯酶EstS的大肠杆菌基因工程菌为催化剂，以外消旋6‑氟‑色满‑2‑羧酸甲酯为底物，进行反应，该方法提供了出色的立体选择性。同时，本发明首次实现利用酯酶EstS拆分制备(S)‑6‑氟‑色满‑2‑羧酸。